De permanente tentoonstelling van het Verzetsmuseum brengt bezoekers terug naar de jaren 40, ten tijde van de bezetting. Een decor van nagebouwde straten en wandvullende kleurenfoto's roept de sfeer op van de oorlogsjaren. Authentieke voorwerpen, foto's en documenten, film- en geluidsfragmenten vertellen de geschiedenis van mensen in oorlogstijd. Veel van de collectie bestaat uit objecten verkregen uit de persoonlijke bezittingen van leden van de verzetsbeweging, waarmee verhalen over het uitzonderlijke en het alledaagse worden verteld.
De tentoonstelling heeft betrekking op alle vormen van verzet: stakingen, vervalsen van documenten, het helpen verbergen van mensen, ondergrondse kranten, ontsnappingsroutes, gewapend verzet en spionage. Je ziet kinderwagen met verborgen geweren, vervalste ID-kaarten, schrijfmachines waarop verzetsberichten werden getypt en schaakborden met verborgen compartimenten.
Naast het verzet, zie je ook hoe het dagelijks leven was voor mensen die ervoor kozen om zich niet te verzetten. Wat betekende dit voor hen en waarom hebben sommige er uiteindelijk toch voor gekozen zich bij het verzet aan te sluiten? Een ander belangrijk onderdeel van het Verzetsmuseum richt zich op het Nederlandse koloniale rijk, Nederlands-Indië, tijdens de oorlog. De bevolking daar leidde zwaar onder het Japanse regime van terreur.