Sammen med sin kone Sina, som også selv malede, samlede Hendrik på fransk hollandsk og japansk kunst. Den franske kunst består hovedsagelig af værker fra den franske Barbizon-skole med værker af Daubigny, Millet, Dupré, Roussau, Courbet, Corot, Troyon og Diaz. Mesdags Barbizon-samling er den største af sin art uden for Frankrig.
Den udstillede hollandske kunst hører til Haag-skolen, hvis kunstnere var stærkt påvirket af den franske Barbizon-skole. Blandt højdepunkterne i denne del af samlingen kan nævnes Anton Mauves æselstand på stranden ved Scheveningen og Théophile de Bocks Tordenvejr. Samlingen af japansk kunst er af dekorativ karakter og omfatter alt fra samurai-sværd til Satsuma-lerdevaser.
Museet Mesdag Collection er indrettet i det, der var Mesdag-familiens hjem, og som blev bygget i 1870'erne af Mesdag og hans svoger Samuel van Houten. Museet består af selve huset, det maleriatelier, som både Hendrik og Sina brugte, den kunst, de skabte og samlede, og deres have. Haven er det perfekte sted til en picnic eller en stille spadseretur og har udsigt over fredspaladset, hvor den internationale domstol har til huse.